本研究では、Field Asymmetric Ion Mobility Spectrometry（FAIMS）の低解像度を利用して、低負荷および単一細胞プロテオミクスにおけるペプチドカバレッジの向上を目指しました。FAIMSは、イオンの異なる移動度に基づいて信号対雑音比を向上させるため、単一細胞や低入力のプロテオミクスにおいて不可欠なツールです。研究では、電極温度の調整によるFAIMS解像度の調整がペプチド同定感度に与える影響を調査し、FAIMS解像度を下げることで補償電圧ウィンドウが広がり、イオン伝送が増加することを示しました。この低解像度モードは、HeLa消化物の濃度範囲からのペプチド同定を最大18%向上させ、単一細胞サンプルでも同様の効果が観察されました。

• FAIMSの低解像度モードは、ペプチド同定の精度を向上させ、主成分分析において同一細胞型の異なる集団を明らかにします。
• 低解像度FAIMSを使用することで、低負荷測定の定量的精度が向上します。
• これらの結果は、FAIMSベースの低入力プロテオミクスワークフローにおける実用的な最適化戦略を提供し、ハードウェアやデータ解析パイプラインの変更なしに、単一の設定を変更することで改善を可能にします。

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