今回紹介するのは、血漿プロテオミクスにおけるDIA解析の要であるスペクトルライブラリー構築を再検討した研究です。著者らはtimsTOF HT上でion mobilityを組み合わせたdiaPASEFを用い、高スループット測定において測定時間、ライブラリーの深さ、タンパク質・ペプチド同定数の関係を系統的に評価しました。DIA解析が実験由来またはインシリコ由来のライブラリーに依存するという前提のもと、血漿に特化したライブラリー構築アプローチを比較しています。
主な結果として、ライブラリー構築に投じる測定時間が増えるほど同定数が増加することが確認されました。タンパク質レベルでは、最も包括的な実験ライブラリーに対してインシリコライブラリーは深さが劣り、ペプチドレベルでは実験ライブラリーがインシリコに比べて同定数を14%増加させました。ペプチド中心の解析が広がる現在、実験ライブラリーはより深い評価を可能にし、高スループット血漿プロテオミクスにおいて測定時間を投資する価値があることを示しています。
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