今回紹介するのは、人脳組織の保存法がプロテオーム解析に及ぼす影響を検証した研究です。大脳皮質と海馬由来のヒト組織（n=6）を対象に、逆相LC-高分解能質量分析（LC-HRMS）によるデータ非依存型取得（DIA）で、ホルマリン固定、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）、凍結保存を比較し、FFPE専用抽出キット（n=4）も評価しました。ホルマリン固定のプロファイルは、FFPEやFFPEキットよりも凍結保存に近く、一方で主成分解析ではFFPEとの高い相関とオーバーラップも示されました。全手法を通じて一貫して検出されたコアタンパク質は1753種類に上り、凍結保存でのみ検出された35種類にも機能的な濃縮は見られませんでした。

定量比較では、凍結保存プロテオームに対して、固定組織では細胞プロセス、エネルギー代謝、シグナル伝達、輸送に関わる経路が相対的に過小評価され、その偏りはタンパク質の長さ、局在、疎水性といった性質に関連していました。一方で、神経発生やファゴソーム関連経路は固定組織で過剰に表れました。さらに、ホルマリン固定試料を用いたアルツハイマー病のパイロット比較（Braak 0–II: n=4、IV–VI: n=4）では、ヌクレオソーム関連タンパク質やCarboxypeptidase M（CPM）を中心とする12の候補バイオマーカーを特定。これらの結果は、ホルマリン固定脳組織が信頼できるプロテオミクス情報を提供し、神経変性疾患研究にとって有用な資源となり得ることを示しています。

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