今回紹介するのは、特発性肺線維症（IPF）における酸化ストレス（OS）の細胞種別・空間的な偏りを、単一細胞RNA-seq、空間トランスクリプトミクス、バルクRNA-seqを統合して描き出した研究です。著者らは複数のエンリッチメント手法でOSスコアを算出し、LASSO、Random Forest、Boruta、Bayesian、LVQ、Treebagなどの機械学習で診断バイオマーカー候補を選別しました。発現の頑健性は公的データセットとブレオマイシン誘発C57BL/6マウスモデルで検証され、さらにCellChatや擬時間解析により細胞間コミュニケーションと転写制御の動態が評価されています。

結果として、OS活性はIPF肺で全体に上昇し、特に基底細胞で顕著に富むことが示されました。71遺伝子候補の中からSCPEP1が最も堅牢な指標として浮上し、複数データセットと実験系で一貫して上方変動、トレーニングコホートでAUC 0.857を示しました。SCPEP1発現は気道近傍に空間的に偏在し、基底細胞に高い特異性を持ち、SCPEP1陽性基底細胞はWntシグナルや発生経路の再プログラム化、擬時間の初期段階での動的発現を特徴としました。さらに、MIF–CD74、MDK–NCL、ICAM1–ITGALといった線維化・炎症性のシグナル軸を介して免疫・間質細胞と多面的に相互作用することが示され、レドックス感受性経路やリガンド–受容体相互作用の優先的検討に資する知見と位置づけられます。なお、本研究はトランスクリプトーム統合解析に基づいており、質量分析計やLCメソッド、Evosepの使用に関する情報は示されていません。

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